Η Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ) που απαρτίζεται από έξι (6) μέλη ΔΕΠ, τα οποία έχουν αναλάβει μεταπτυχιακό έργο ή επίβλεψη διδακτορικών διατριβών, και προεδρεύεται από τον Διευθυντή. Τα μέλη της Συντονιστικής Επιτροπής ορίζονται από την ΓΣΕΣ. Η ΣΕΜΣ προεδρεύεται από τον Διευθυντή. Ο Διευθυντής εκλέγεται από την ΓΣΕΣ του Τμήματος. Η εκλογή της ΣΕΜΣ και του Διευθυντή γίνεται στο τέλος του ακαδημαϊκού έτους για θητεία δύο ετών που μπορεί να ανανεώνεται.
2. Η ΣΕΜΣ ασκεί τις αρμοδιότητες του Ν. 3685/2008, ιδίως δε:
α) Καθορίζει τα μαθήματα στα οποία εξετάζονται οι υποψήφιοι για εισαγωγή στο ΠΜΣ.
β) Επικυρώνει τον τελικό πίνακα επιτυχόντων στο ΠΜΣ.
γ) Ορίζει τους επιβλέποντες και τα μέλη των συμβουλευτικών επιτροπών με πρόταση του επιβλέποντος καθηγητή.
δ) Ορίζει τα μέλη των εξεταστικών επιτροπών.
ε) Απονέμει τα μεταπτυχιακά διπλώματα.
στ) Αναθέτει τη διδασκαλία των μαθημάτων σε μέλη ΔΕΠ των συνεργαζόμενων στο ΠΜΣ Σχολών και Τμημάτων του ΑΠΘ ή άλλων Πανεπιστημίων της χώρας, καθώς και σε επισκέπτες-καθηγητές και ειδικούς επιστήμονες.
3. Η ΣΕΜΣ ασκεί τις αρμοδιότητες του ά. 2 του Ν. 3685/2008, ιδίως δε:
α) Εποπτεύει και συντονίζει τη λειτουργία του ΠΜΣ.
β) Επιβλέπει τις εξετάσεις που προβλέπονται από τον παρόντα Κανονισμό για την επιλογή υποψηφίων μεταπτυχιακών φοιτητών.
4. Ο Διευθυντής ασκεί τις αρμοδιότητες που προβλέπονται στο Ν. 3685/2008.