Το Π.Μ.Σ. διαρθρώνεται σε τρία (3) εξάμηνα. Στο πρώτο (Α’ ) εξάμηνο διδάσκονται έξι (6) υποχρεωτικά μαθήματα με τέσσερα (4) ECTS ανά μάθημα και παρακολούθηση κλινικών περιστατικών I με έξι (6) ECTS. Στο δεύτερο (Β’ ) εξάμηνο διδάσκονται έξι (6) υποχρεωτικά μαθήματα με τέσσερα (4) ECTS ανά μάθημα και παρακολούθηση κλινικών περιστατικών II με έξι (6) ECTS. Στο τρίτο (Γ’ ) εξάμηνο εκπονείται η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία με τριάντα (30) ECTS και ολοκληρώνεται η παρακολούθηση κλινικών περιστατικών.

Η παρακολούθηση κλινικών περιστατικών Ι και ΙΙ είναι υποχρεωτική, πραγματοποιείται κατά τη διάρκεια του Α’ και Β’ εξαμήνου και ολοκληρώνεται κατά το Γ’ εξάμηνο. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές καλούνται να επιλέξουν ένα από τα δύο (2) προγράμματα παρακολούθησης κλινικών περιστατικών:

Α) Παρακολούθηση κλινικών περιστατικών στην προηγμένη καρδιοπνευμονική υποστήριξη κατά την οποία υποχρεούνται να παρακολουθήσουν για τουλάχιστον ογδόντα (80) ώρες τη λειτουργία της Καρδιοθωρακοχειρουργικής Κλινικής του Πανεπιστημιακού Γενικού Νοσοκομείου Θεσσαλονίκης (Π.Γ.Ν.Θ.) «ΑΧΕΠΑ», η οποία συνεργάζεται με το Π.Μ.Σ., καθώς και να παρακολουθήσουν τουλάχιστον είκοσι (20) επεμβάσεις καρδιάς, οι οποίες καταχωρούνται για κάθε φοιτητή σε ειδική βάση δεδομένων (logbook).

Β) Παρακολούθηση κλινικών περιστατικών στις τεχνικές εξωσωματικής κυκλοφορίας, η οποία περιλαμβάνει παρακολούθηση τουλάχιστον εκατό (100) χειρουργικών επεμβάσεων με εξωσωματική κυκλοφορία στην Καρδιοθωρακοχειρουργική Κλινική του Π.Γ.Ν.Θ. «ΑΧΕΠΑ», οι οποίες καταχωρούνται για κάθε φοιτητή σε ειδική βάση δεδομένων (logbook).

Η παρακολούθηση των μαθημάτων από τους μεταπτυχιακούς φοιτητές είναι υποχρεωτική. Το Π.Μ.Σ. ακολουθεί το μεικτό σύστημα εκπαίδευσης (blended learning), το οποίο συνδυάζει τη διά ζώσης εκπαιδευτική διαδικασία με την εξ αποστάσεως εκπαίδευση. Τα μαθήματα θα πραγματοποιούνται διά φυσικής παρουσίας σε ποσοστό είκοσι πέντε τοις εκατό (25%) και με τη χρήση μεθόδων σύγχρονης εξ αποστάσεως διδασκαλίας σε ποσοστό εβδομήντα πέντε τοις εκατό (75%). Η επίσημη γλώσσα διεξαγωγής του προγράμματος είναι η ελληνική. Η γλώσσα εκπόνησης της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας είναι η ελληνική (ή/και η αγγλική σε τεκμηριωμένες περιπτώσεις).