Στο Π.Μ.Σ. προβλέπονται τέλη φοίτησης που ορίζονται στο ποσό των τριών χιλιάδων ευρώ (3.000,00€) για κάθε κύκλο σπουδών. Η καταβολή τους πραγματοποιείται από τον ίδιο τον φοιτητή (ή από τρίτο φυσικό ή νομικό πρόσωπο για λογαριασμό του φοιτητή) σε λογαριασμό του Ε.Λ.Κ.Ε.
Η καταβολή των τελών φοίτησης γίνεται σε τρεις (3) ισόποσες δόσεις, η πρώτη κατά την εγγραφή, η δεύτερη πριν από την έναρξη του δεύτερου (Β’ ) εξαμήνου και η τρίτη πριν από την έναρξη του τρίτου (Γ’ ) εξαμήνου, σε τραπεζικό λογαριασμό που τηρείται για το σκοπό αυτό στον Ειδικό Λογαριασμό Κονδυλίων Έρευνας του Α.Π.Θ.
Δικαίωμα για τη χορήγηση δωρεάν φοίτησης λόγω οικονομικών ή κοινωνικών κριτηρίων έχουν όσοι μεταπτυχιακές φοιτητές πληρούν το κριτήριο αριστείας κατά τον πρώτο κύκλο σπουδών, που αντιστοιχεί κατ’ ελάχιστον στην κατοχή βαθμού ίσου ή ανώτερου του επτάμισι με άριστα στα δέκα (7,5/10). Οι απαλλασσόμενοι φοιτητές δεν θα πρέπει να ξεπερνούν το ποσοστό του τριάντα τοις εκατό (30%) του συνολικού αριθμού των φοιτητών που εισάγονται στο Π.Μ.Σ. και αφορά τη συμμετοχή σε ένα μόνο Π.Μ.Σ. Αν οι δικαιούχοι υπερβαίνουν το ανωτέρω ποσοστό, επιλέγονται με σειρά κατάταξης ξεκινώντας από αυτούς που έχουν το μικρότερο εισόδημα.